Rによるメタ解析/ネットワークメタ解析
メタ解析
RevManよりも簡単に短時間で解析できるので、覚書用にコードを残しておきます。
①エクセルファイルでデータ作成・・・以下を列名にしてデータを作成します。
StudyID:通し番号
Study:試験名
T1:介入の種類(データは1と2などの数字で良い、その場合T1がreferenceとして解析されるので、通常プラセボを1、介入群を2とすれば良い)
R1:発生イベント数
N1:患者総数
2種類の比較ならT2, R2, N2列も作成して、Rに読み込む。
②library(netmeta)をインストールして起動
③データ処理(m.binで保存される、ランダム効果モデルです)
m.bin <- metabin(R1,N1,R2,N2,
data = ファイル名,
studlab = paste(Study),
comb.fixed = F,comb.random = T,
method = 'MH',
sm = "RR")
# Mantel Haenszel weighting
④フォレストプロット
forest(m.bin,
print.tau2 = FALSE,
leftcols = c('studlab'),
print.pval.Q = FALSE,
label.c =
)
⑤ファンネルプロット
funnel.meta(m.bin,
cex = 2,
xlim = c(0.03,25),
cex.studlab = 0.8,
pos.studlab = 1,
studlab = FALSE)
⑥Eggers test
metabias(m.bin, method.bias = "linreg")
とりあえずここまでやれば概ね必要なデータは出力されると思います。
詳細は以下のサイトを参照ください、色々カスタマイズが可能です。
フォレストプロット
ネットワークメタ解析
①エクセルのファイル形式はメタ解析と同様に作成
②library(netmeta)をインストールして起動
③効果量の計算
m.netmeta <- netmeta(TE = TE,
seTE = seTE,
treat1 = T1, treat2 = T2, treat3 = T3,
studlab = author,
data =ファイル名,
sm = "RR", fixed = FALSE, random = TRUE, reference.group = "1",
details.chkmultiarm = TRUE, sep.trts = " vs ")
④データのサマリー
summary(m.netmeta)
⑤ネットワークプロットの作成
tname <- c("Placebo", "介入名",・・・・・・・) netgraph(net2,points=TRUE,cex.points=3,cex=1.25,labels=tname, col = blue)
⑥フォレストプロット
forest(net2, ref="1")
⑦全てのフォレストプロット
netsplit(net2) %>% forest()
詳細は以下のサイトを参照ください、色々カスタマイズが可能です。
マニュアルのPDFファイル
https://cran.r-project.org/web/packages/netmeta/netmeta.pdf
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